DATE:
2019-01-16
UNIVERSAL IDENTIFIER: http://hdl.handle.net/11093/1156
DOCUMENT TYPE: doctoralThesis
ABSTRACT
The main topic of this thesis is the whole genome amplification (WGA) of single tumor cells in two types of cancer: colorectal cancer (CRC) and chronic lymphocytic leukemia (CLL). First of all, we will implement appropriate cell isolation protocols from tissue, peripheral blood and bone marrow samples. Then, we will benchmark current single-cell WGA strategies, mainly variations of the MDA (Multiple Displacement Amplification) and MALBAC (Multiple Annealing and Looping-Based Amplification Cycles) protocols. We will also amplify whole genomes from pooled cells in order to contrast the error rates of the different methods. The main challenge will be to achieve whole genomes of cancer single cells with a good coverage, low bias, limited allelic dropout and a small number of false positives and false negatives. El tema principal de esta tesis es la amplificación del genoma completo (WGA) de células tumorales individuales de dos tipos de cáncer: colorrectal (CRC) y leucemia linfocítica crónica (CLL). Primeramente, se implementarán protocolos apropiados para el aislamiento de las células a partir de las muestras de tejido, sangre periférica y médula ósea. A continuación, compararemos las estrategias actuales de WGA de células individuales, principalmente variaciones de los protocolos de MDA (Multiple Displacement Amplification) y de MALBAC (Multiple Annealing and Looping-Based Amplification Cycles). También amplificaremos genomas completos de pools de células para comparar las tasas de error de los diferentes métodos. El principal reto será lograr genomas completos de células tumorales individuales con una buena cobertura, bajo sesgo, pérdida de información alélica (ADO) limitada y un bajo número de falsos positivos y negativos. O tema principal desta tese é a amplificación do xenoma completo (WGA) de células tumorais individuais de dous tipos de cancro: colorrectal (CRC) e leucemia linfocítica crónica (CLL). Primeiramente, implementaranse protocolos apropiados para o illamento das células a partir das mostras de tecido, sangue periférico e medula ósea. A continuación, compararemos as estratexias actuais de WGA de células individuais, principalmente variacións dos protocolos de MDA (Multiple Displacement Amplification) e de MALBAC (Multiple Annealing andLooping-Based Amplification Cycles). Tamén amplificaremos xenomas completos de pools de células para comparar as taxas de erro dos diferentes métodos. O principal reto será acadar xenomas completos de células tumorais individuais cunha boa cobertura, baixo sesgo, perda de información alélica (ADO) limitada e un baixo número de falsos positivos e negativos.